Zaměstnancům ve většině případů vyřizuje daňové povinnosti zaměstnavatel prostřednictvím ročního zúčtování daně, o které je třeba požádat do poloviny února. Má-li zaměstnanec příjmy pouze ze zaměstnání (bez souběhu více pracovních poměrů v jednom období) a jeho vedlejší příjmy nepřesáhnou stanovený limit, daňové přiznání podávat nemusí.
Povinnost podat daňové přiznání vzniká zejména tehdy, má-li zaměstnanec i jiné příjmy – například z podnikání, pronájmu, kapitálu nebo příležitostných činností nad zákonný limit, případně pracuje současně pro více zaměstnavatelů. Týká se to i některých specifických situací, jako je předčasné ukončení životního pojištění či některé případy prodeje nemovitosti.
Daňové přiznání se podává zpravidla do začátku dubna (elektronicky do začátku května, s daňovým poradcem do července). Zaměstnanci ho mohou podat i dobrovolně, například pokud si chtějí dodatečně uplatnit daňové úlevy. Výsledkem může být i daňový přeplatek, který bývá vyplacen v následujícím období.